Наиболее вредоносными болезнями льна-долгунца считаются фузариозы, антракноз, полиспороз, аскохитоз, пасмо, ржавчина, кальциевый хлороз и др. Как правило, влажная погода способствует развитию грибных заболеваний, а жаркая и сухая – бактериальных. При обнаружении первых признаков болезни на посевах льна-долгунца необходимо приступить к фунгицидным обработкам.

Экономический порог вредоносности фузариозов в фазу «всходы- «елочка» - первые признаки болезни; антракноза –  в фазу « всходы-«елочка» - первые признаки болезни; пасмо льна – в период вегетации – первые признаки болезни; кальциевого хлороза – фаза «всходы-елочка» - первые признаки болезни; мучнистой росы в период вегетации – первые признаки болезни.

Фунгицидные обработки следует проводить при температуре +15…24⁰С и скорости ветра – менее 4м/с.

В соответствии со статьей 22 Закона Республике Беларусь «О карантине и защите растений» в республике допускаются к применению только средства защиты растений, прошедшие государственную регистрацию и включенные в Государственный реестр средств защиты растений и удобрений, разрешенных к применению на территории Республики Беларусь. Применение средств защиты растений должно осуществляться при реализации мероприятий по защите растений в соответствии с требованиями санитарных правил, иными обязательными для соблюдения требованиями ТНПА и с соблюдением рекомендаций по применению средств защиты растений лицами, имеющими специальную подготовку, а также с учетом требований, установленных законодательными актами в области охраны окружающей среды и рационального использования природных ресурсов.